黃酒變酸除了后期保存問題之外，最主要的原因是工藝衛生環節不達標，如生產工具洗滌不合格、釀造用水微生物超標等等。
黃酒生產中使用的生產工具所致
黃酒生產中使用的生產工具，如鏟子、木耙、竹籮、刮板等。有些黃酒廠不重視生產工具的消毒，甚至清洗工作也較馬虎，特別是竹籮，縫隙很多，洗刷時稍不認真，就會藏匿不少飯粒，為雜菌的繁殖提供物質基礎，易導致雜菌污染，發酵容器是薄不銹鋼缸或陶缸，尤其是裝過酸敗醪液的容器，內壁沾有大量的產酸細菌，一般的洗滌難以奏效，如果不采取藥物滅菌則容易出現酸敗現象。
飯粒太爛或有夾生所致
蒸好的糯米飯不宜太爛，更忌夾生。太爛的米飯，由于透氣性不好，根霉難以作用。而夾生的米飯也將使根霉菌難以進行糖化，由于糖化不好，淀粉難以轉化成還原糖，以致酵母生長也不佳，那么有害的產酸菌就會乘機大量繁殖而導致醪液增酸。
淋飯水及釀造用水微生物超標所致
俗話說“曲是酒之骨，米是酒之肉，水是酒之血”，名酒必有佳泉，如紹興鑒湖名酒，廣西桂平的乳泉造就的“乳泉酒”等，是因為湖水、山泉水一般均能保證微生物學上的純潔性，有利于延長發酵期以產生酒香。黃酒的淋飯用水及釀造用水最低質量要求必須符合飲用水標準。
釀造用水還必須注意水的酸堿性，應以PH值呈中性或微酸性為宜，因為根霉米曲霉和酵母均適宜在微酸性環境中生長繁殖，而細菌一般喜歡偏堿性的環境條件，故偏堿性的水易發生雜菌感染。目前，能夠使用泉水生產黃酒的企業數量很少，大多數生產企業還是使用城市自來水。
夏季，特別是雨季，泥沙俱下，河水混濁不堪，很多城市自來水的微生物都大大超標，同時又含有大量的氯化物，如果不進行脫氯及進一步的凈化處理就會直接影響其使用后果。
糖化發酵溫度過高或開耙不及時所致
夏季，南方室溫常在30℃以上，根霉和酵母的發酵作用釋放大量的熱，使發酵溫度達到危及酵母生命和活性的程度。當品溫達到36℃時，酵母的活性明顯衰退，38℃時酵母嚴重傷亡，40℃以上酵母大部分死亡或失去發酵力。如果沒有控溫措施，高溫發酵是引起醋酸菌大量感染和繁殖的主要原因。
及時開耙也是很重要，開耙的目的：一方面是降低品溫，使缸中品溫上下均勻一致;另一方面是排出大量二氧化碳，同時供給新鮮空氣，促進糖化發酵作用。
煎酒溫度時間達不到要求或煎酒不及時所致
黃酒發酵(一般干型黃酒發酵1個月，甜型黃酒發酵20天)結束后應即壓濾，壓濾后馬上就進行煎酒，以殺掉酒中的大部分細菌和全部酵母，目的是使貯存的酒不酸敗變質。
如果煎酒溫度和時間掌握不好，或者是壓濾好的酒不及時殺菌都會導致酸敗現象。
貯酒容器頂部留有空位所致
黃酒貯存一般采用小型不銹鋼罐或500升的陶罐，裝好黃酒后，如果貯罐頂部還有大量空間，或者說只裝三分之二或四分之三的黃酒，那么一些好氣性菌如醋酸菌以及好氣性的野生酵母如產膜酵母就會有活動的空間。
醋酸菌不但能將葡萄糖變成醋酸，而且還能氧化酒精為醋酸;侵入酒液表面的產膜酵母，會使酒液表面形成一層薄薄的白色醭。由于留有空位，罐壁因沾有營養豐富的黃酒，會染有大量的青霉、曲霉和毛霉等雜菌，所以說即使煎過的酒如果貯存方法不當也會重新變酸。
關于變酸的黃酒能不能喝這個問題，一般都認為黃酒微酸是正常的，但是太酸就不能飲用了。為防止放置期間變酸，打開之后應該盡快喝完。
